Jurusan Akuntansi dibentuk pada tahun 1987 sejak berdirinya Politeknik Negeri Samarinda (dahulu bernama Politeknik Universitas Mulawarman) dalam jenjang pendidikan Program Diploma II (D2) dengan Program Studi Akuntansi. Pada tahun ajaran 1993/1994 Jenjang Pendidikan Program Diploma 2 (D2) ditingkatkan menjadi Jenjang Pendidikan Program Diploma 3 (D3) untuk Program Studi Akuntansi.   Sejak tahun 1997 jenjang pendidikan ditingkatkan menjadi pendidikan Diploma III (D3) Teknik Listrik. Pada tahun 2014 Jurusan Teknik Elektro membuka Program Studi D4 Teknik Listrik berdasarkan SK Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 126/E/O/2014. Penyelenggaraan pendidikan ini merupakan lanjutan dari program D3 dengan konsentrasi di bidang Sistem Tenaga Listrik dengan kurikulum yang dirancang khusus dan selalu disesuaikan dengan perkembangan di bidang industri dan teknologi baik di tingkat lokal Kalimantan Timur, Nasional maupun Internasional.